蒙逊带着八千多户人走了。这时候，右卫将军折掘奇镇占据石驴山叛变了。秃发傉檀既害怕沮渠蒙逊的逼迫，又担心岭南被折掘奇镇占了，没办法，只好迁都到乐都，留下大司农成公绪守姑臧。秃发傉檀刚出城，魏安人侯谌等人就关起城门闹事，召集了三千多家，占据南城，推举焦朗为大都督、龙骧大将军，侯谌自己号称凉州刺史，然后投降了沮渠蒙逊。
再说刘裕这边，他到了下邳，把辎重都用船运着，自己带着精锐部队步行往回赶。到了山阳，听说何无忌战败死了，担心京城失守，那可不得了，赶紧带着部队轻装急行军。他带着几十个人到了淮河边，向路人打听朝廷的消息，路人说：“贼兵还没到呢，要是刘公您能回来，那就没啥可担心的啦。”刘裕一听，心里大喜。准备渡江的时候，风特别大，大家都觉得这风太大渡江危险，有点打退堂鼓。刘裕却说：“要是老天爷保佑咱国家，这风就该自己停下来；要是不保佑，就算船翻了被淹死又咋样！”说完就下令上船，嘿，你还别说，船刚一动，风就停了。过了江，到了京口，大家这才彻底安心。夏天，四月初一，刘裕到了建康。因为江州沦陷了，刘裕就上表请求交回官职和印绶，朝廷下诏没答应。
青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜各自带兵到建康保卫。刘藩是兖州刺史刘毅的堂弟。刘毅听说卢循来进犯，打算去抵抗，结果这时候生病了。病好之后，准备出发。刘裕就给刘毅写了封信说：“我以前跟那些贼兵打过交道，了解他们的套路。现在贼兵刚尝到甜头，势头正猛，可不能小看。我这边修船也快完工了，到时候咱哥俩一起出兵。等把贼兵平定了，上游的重任就都交给你啦。”还派刘藩去劝刘毅先别着急出兵。刘毅一听就火了，对刘藩说：“以前不过是看在我一时有点功劳，大家才推举我，你还真以为我不如刘裕啊！”说完把信往地上一扔，带着两万水军从姑孰出发了。
卢循刚开始进犯的时候，派徐道覆去打寻阳，自己带兵攻打湘中各郡。荆州刺史刘道规派兵迎战，结果在长沙吃了败仗。卢循打到巴陵，准备往江陵去。徐道覆听说刘毅要来了，赶紧派人快马加鞭告诉卢循说：“刘毅的兵可不少，咱这成败就看这一仗了，咱得一起使劲儿把他干掉。要是打赢了这仗，江陵就不用担心啦。”卢循当天就从巴陵出发，和徐道覆合兵一起顺流而下。五月初七，刘毅和卢循在桑落洲打了一仗，刘毅的兵被打得落花流水，他只好弃船，带着几百人步行逃跑，剩下的人都被卢循俘虏了，刘毅他们丢弃的辎重堆得像小山一样。
一开始，卢循到寻阳的时候，听说刘裕已经回来了，还不太相信。等打败刘毅之后，才确定这事儿，他和手下人一听，都吓得脸色大变。卢循就想退回寻阳，再去攻打江陵，占据这两个州来对抗朝廷。徐道覆却觉得应该乘胜直接进军，两人为此争论不休。卢循犹豫了好几天，最后还是听了徐道覆的。
五月初八，朝廷大赦天下。刘裕开始招募士兵，给的奖赏和当初在京口响应起义的标准一样。还征调百姓去修石头城。有人提议说应该分兵把守各个重要渡口，刘裕说：“咱人少，贼兵人多，要是分兵去守，敌人就容易摸清咱的虚实；而且要是哪个地方守不住，那大家的士气可就全没了。现在咱把人都集中在石头城，根据情况随机应变，这样既能让敌人摸不清咱到底有多少人，又能保证兵力不分散。要是后续有援兵陆续赶来，咱再看情况商量下一步。”
朝廷听说刘毅战败了，人心惶惶。这时候北伐的部队刚回来，将士们很多都受伤生病，建康能作战的士兵还不到几千人。卢循接连攻克了两个重镇，手下有十多万战士，战船和车辆连绵百里不断，楼船高达十二丈，那些战败逃回来的人都一个劲儿说卢循的部队有多厉害。孟昶、诸葛长民就想带着皇帝过江逃跑，刘裕不同意。当初，何无忌、刘毅去南方讨伐的时候，孟昶就预测他们会失败，结果还真被他说中了。到了这会儿，他又觉得刘裕肯定抵挡不住卢循，很多人还真信了他这话。只有龙骧将军东海人虞丘进当场反驳孟昶他们，觉得
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