晋纪三十六，从公元405年（乙巳年）到公元408年（戊申年），共四年。
义熙元年（公元405年，己巳年）
春天正月，南阳太守扶风人鲁宗之起兵，去偷袭襄阳，桓蔚抵挡不住，逃到江陵。正月己丑，刘毅等各路大军开到马头。桓振挟持着皇帝，出城驻扎在江津，还派使者来，说要割让江、荆二州，送回皇帝，刘毅他们没答应。正月辛卯，鲁宗之在柞溪把桓振的将领温楷打得大败，接着进军驻扎在纪南。桓振留下桓谦、冯该守江陵，自己带兵去和鲁宗之交战，结果又被打得落花流水。刘毅等人在豫章口打败了冯该，桓谦一看形势不妙，弃城逃跑。刘毅他们顺利进入江陵，抓住卞范之等人，砍了脑袋。桓振往回赶，远远看见江陵城里起火，知道城已经被攻陷，手下的兵一下子都跑光了，他自己逃到涢川。
正月乙未，皇帝下诏，把重大事务都交给冠军将军刘毅处理。
正月戊戌，宣布大赦天下，改年号，但桓氏家族不在赦免范围内。不过因为桓冲对晋朝皇室一直忠心耿耿，所以特别赦免了他的孙子桓胤。朝廷任命鲁宗之为雍州刺史，毛璩为征西将军，都督益、梁、秦、凉五州诸军事，毛璩的弟弟毛瑾为梁、秦二州刺史，毛瑗为宁州刺史。刘怀肃追到石城，把冯该给杀了，桓谦、桓怡、桓蔚、桓谧、何澹之、温楷这些人都逃到后秦去了。桓怡是桓弘的弟弟。
后燕的慕容熙去攻打高句丽。正月戊申，进攻辽东。眼看城就要被攻破了，慕容熙却命令将士们：“谁都不许先登城，等把城墙铲平了，朕和皇后坐着车进去。”就因为这，城里的人得到机会加强防备，最后慕容熙没攻下城，只能灰溜溜地回去了。
秦王姚兴把鸠摩罗什尊为国师，像敬神一样供奉他。姚兴亲自带着大臣们和和尚们，去听鸠摩罗什讲解佛经，还让鸠摩罗什翻译西域的《经》《论》三百多卷。又大规模修建塔寺，坐禅的和尚常常有上千人。从公卿以下的官员都信奉佛教，州郡的老百姓受影响，十户里面有九户都信佛。
乞伏乾归去攻打吐谷浑的大孩，把他打得大败，俘虏了一万多人回来。大孩逃跑的时候，死在了胡园。视罴的大儿子树洛干，带着剩下的几千户人逃到莫何川，自称车骑大将军、大单于、吐谷浑王。树洛干减轻徭役和赋税，赏罚分明，吐谷浑又兴盛起来，沙、漒等地的各少数民族都归附了他。
西凉公李暠自称大将军、大都督，兼任秦、凉二州牧，宣布大赦天下，改年号为建初，还派舍人黄始、梁兴走小路，带着奏表去建康。
二月丁巳，留台准备好皇帝出行的车驾，到江陵去迎接皇帝。刘毅、刘道规留在夏口驻扎，何无忌护送皇帝往东回朝。
当初，毛璩听说桓振攻陷了江陵，就带着三万人马顺流东下，准备去讨伐桓振。他让弟弟西夷校尉毛瑾、蜀郡太守毛瑗从外水出发，参军巴西人谯纵、侯晖从涪水出发。蜀地的人本来就不想跑那么远去打仗，侯晖到了五城水口，就和巴西人阳昧商量着造反。谯纵这人性格温和谨慎，蜀地的人都挺喜欢他。侯晖和阳昧一起逼谯纵当头儿，谯纵不答应，还跳到水里想躲开。他们把谯纵拉出来，拿着兵器逼他上车，谯纵又趴在地上，拼命磕头推辞。侯晖没办法，就把谯纵绑在车上。然后他们转头回去，在涪城偷袭毛瑾，把毛瑾杀了，推举谯纵为梁、秦二州刺史。毛璩行军到略城，听说出了事，赶紧往回跑回成都，派参军王琼带兵去讨伐谯纵，结果被谯纵的弟弟谯明子打得大败，士兵死了十有八九。益州的营户李腾打开城门，放谯纵的兵进城，把毛璩和他弟弟毛瑗都杀了，毛家就此灭门。谯纵自称成都王，任命堂弟谯洪为益州刺史，谯明子为巴州刺史，驻守白帝。这一下蜀地大乱，汉中地区兵力空虚，氐王杨盛派他哥哥的儿子平南将军杨抚去占领了汉中。
二月癸亥，北魏主拓跋珪从豺山回宫，撤销了尚书的三十六曹。
三月，桓振从郧城出发，偷袭江陵。荆州刺史司马休之没打过，逃到襄阳，桓振就自称荆州刺史。建
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