元兴元年（公元402年，壬寅年）
春天，正月初一，朝廷下诏书痛批桓玄的罪状，任命尚书令元显为骠骑大将军、征讨大都督、都督十八州诸军事，还给他加了黄钺这一特殊权限。又派镇北将军刘牢之当先锋都督，前将军谯王尚之殿后，顺便大赦天下，改了年号，全国进入戒严状态；还给会稽王道子加了太傅的头衔。
元显想把姓桓的一锅端。中护军桓修是骠骑长史王诞的外甥，王诞正得元显宠信，就替桓修他们说好话，说他们跟桓玄不是一路人，元显这才罢手。这王诞，是王导的曾孙。
张法顺跟元显说：“桓谦兄弟老给上游当眼线，得把他们斩了以绝后患。而且这事能不能成，全看前锋，可刘牢之这哥们儿反复无常，万一他变卦，咱立马就得玩完。不如让刘牢之去杀桓谦兄弟，表表忠心，他要是不听，咱就先下手为强收拾他。”元显却表示：“现在离了刘牢之，咱都摸不清桓玄的底细；而且刚动手就杀大将，容易人心惶惶。”坚决不同意。又因为桓家在荆州一带根基太深，当年桓冲还特有威望，桓谦又是桓冲的儿子，就把桓谦从骠骑司马提拔为都督荆、益、宁、梁四州诸军事、荆州刺史，想靠这拉拢西边的人心。
正月初八，燕国慕容拔攻打魏国的令支戍，拿下了，宿沓干跑路了，还活捉了魏国辽西太守那颉。燕国任命慕容拔为幽州刺史，镇守令支，让中坚将军辽西人阳豪当本郡太守。正月十八，任命章武公慕容渊为尚书令，博陵公慕容虔为尚书左仆射，尚书王腾为右仆射。
正月十九，魏国材官将军和突攻打黜弗、素古延等部落，把他们揍趴下了。早先，魏主拓跋珪派北部大人贺狄干送一千匹马来秦国求亲，秦王姚兴听说拓跋珪已经立了慕容氏当皇后，就把贺狄干扣下了，亲事也黄了；没弈干、黜弗、素古延都是秦国的附属国，魏国却去打他们，这下秦、魏两家彻底结下梁子。正月二十一，拓跋珪搞了场大规模阅兵，命令并州各郡在平阳的乾壁囤积粮食，防备秦国。
柔然的社仑正跟秦国关系铁，派将领去救黜弗、素古延；正月二十二，和突迎头一击，把柔然军打得稀里哗啦，社仑带着部落远遁漠北，抢占了高车的地盘。斛律部的首领倍侯利去打社仑，结果被虐惨了，倍侯利只好投奔魏国。社仑这时候又往西北打匈奴的残余部落日拔也鸡，也大胜，于是吞并了各个部落，兵马强盛，在北方成了老大。他的地盘西边到焉耆，东边接朝鲜，南边临大漠，周边小国都得听他的。他自称豆代可汗，还制定了规矩：一千人编为一军，军有将军；一百人编为一幢，幢有幢帅。打仗时冲在前面的就赏战利品，怂包就用石头砸脑袋弄死。
秃发傉檀打下了显美，抓住孟祎还数落他，嫌他不早点投降。孟祎说：“我受吕氏大恩，拿着符节守地盘；要是您大军刚到，我就举白旗，恐怕会被您手下人看不起啊。”秃发傉檀听了，放了他还挺尊敬他，迁了两千多户人家回去，想让孟祎当左司马。孟祎推辞道：“吕氏要完犊子了，您这边肯定会拿下河右，这事儿不管聪明人还是糊涂蛋都明白。但我守城没守住，再占着这么大的官，心里实在不踏实。要是能蒙您恩惠，让我去姑臧受死，那我死也值了。”秃发傉檀觉得他够意思，就放他回去了。
东边地区遭了孙恩之乱，接着又闹饥荒，漕运也跟不上。桓玄还封锁了长江水路，商旅行人全断了，公家私家都缺粮，只能用麸皮、橡子给士兵当饭。桓玄本来觉得朝廷一堆烦心事，肯定没空来收拾他，正打算养精蓄锐瞅机会。等朝廷大军要出发时，他堂兄太傅长史石生偷偷送信给他。桓玄吓坏了，想收拢人马守江陵。长史卞范之说：“老大您威名远扬，元显还是个毛孩子，刘牢之早就失了人心，要是咱把兵开到京城附近，跟他们讲清利害，他们肯定立马崩盘，哪有把敌人放进来，让自己陷入困境的道理！”桓玄听了他的，留桓伟守江陵，自己则上表朝廷，还发檄文痛骂元显，起兵往东打。檄文一到，元显吓得够呛。二月初七，皇帝在西池给元显饯行，元显上了船却迟迟不出发。
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