沈锐明白，局部解决方案已经不够，需要从根本上摧毁“全球复兴会”的控制系统。
通过分析之前获取的数据，团队锁定了一个可能的控制中心位置：国际海域的一艘高科技舰船， constantly移动，难以追踪。
在多国海军协助下，终于定位到这艘“新纪元号”。一场国际联合行动展开，沈锐作为顾问参与。
当特种部队突入舰船时，发现这里早已人去楼空，只留下一个运行中的超级计算机和全息投影装置。
投影中是吴启明的身影：“恭喜你，沈队长。你找到了壳，但核心早已转移。”
“你们到底想要什么？”沈锐问。
“很简单：一场洗礼。纳米机器人将清除所有不完美，留下纯净的新人类。”吴启明微笑，“而你们，不幸属于被清除的部分。”
投影消失，屏幕显示全球纳米机器人激活倒计时：24小时。
世界陷入恐慌，各国政府紧急磋商，但找不到有效应对方案。
绝望中，沈锐注意到舰船实验室的一些研究记录：纳米机器人有一个致命弱点——它们依赖一种特殊量子信号维持集体智能，而如果能够模拟这种信号，可以对其进行重编程。
“需要源信号样本！”技术队看到一线希望。
唯一的样本可能在一个人身上——王振华。他的尸体还被冷藏保存着。
团队争分夺秒分析王振华体内的纳米机器人，终于提取到源信号特征。全球实验室联手，开发出重编程程序。
倒计时最后一小时，重编程信号通过全球卫星系统发射。效果立竿见影：纳米机器人停止异常活动，恢复无害状态。
世界躲过一劫，但沈锐知道，“全球复兴会”并未被摧毁，只是暂时退却。
回到杭府，站在西湖边，他收到最后一条信息：
“雨会停，但水长流。我们还会再见，沈队长。——老爷子”
沈锐望向恢复平静的湖面，知道这场战斗远未结束。纳米机器人虽然被重编程，但仍存在于数百万人体内；全球复兴会虽然暂时隐退，但根基未动。
他握紧手中的警徽，知道自己的使命才刚刚开始。背后的影子依然庞大，但只要有光，就有希望。
雨过天晴，西湖上空出现双彩虹。沈锐转身离开湖边，背影坚定。
新的战斗在等待，而他已准备好迎接一切挑战。无论水深几何，真相终将大白于天下。
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