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第682章 惊人的共识
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京都的夜晚,山中教授在阅读论文时,眼中则闪烁着不同的光芒。

他更关注这项发现对“理解并编程细胞”这一终极目标的启示。

他对SFR-1作为分子决策器的“双面人格”机制赞叹不已。

“这简直是大自然设计的天然逻辑门!”他在审稿意见中写道:“这项工作为合成生物学提供了全新的、源自生命内在智慧的‘元件库’。”

但他也提出:“作者是否考虑过,这种变构调控是否具有可设计性?例如,能否通过蛋白质工程改造SFR-1的变构界面,使其响应人工设计的小分子或光信号,从而实现对细胞内运输的人为精确操控?” 他将审稿提升到了“应用与设计”的更高维度。

作为ipS领域的先驱,他敏锐地联想到细胞重编程过程中的信号整合与命运决定。

“在细胞命运转变(如体细胞重编程)过程中,这个‘调度网络’的动态是否发生了重塑?其状态的改变是否是决定重编程效率的关键之一?” 他建议作者可以在讨论部分,就该项发现与细胞身份调控的潜在联系进行更深入的展望,这将极大拓宽论文的学术影响力。

山中的审稿意见充满了建设性,他不仅仅只是评审者,同时也像是一位思想上的共鸣者与引路人,指引着这项基础发现走向更广阔的应用天地。

......

而在斯坦福大学,法森特博士的审阅则完全沉浸在数据和代码的海洋里。

他要求《细胞》编辑部提供了论文中所有关键计算的补充方法细节、部分代表性模拟的输入参数文件、甚至部分自定义分析脚本的代码。

他仔细检查了模拟体系的构建是否合理,类如力场选择、水模型、离子浓度、膜脂组成等等。

模拟时间是否足以达到平衡并采集到统计显着的数据。

“微秒级模拟对于捕获这种构象变化是挑战性的。”他如是评价道:“作者需要提供更充分的收敛性分析数据如RmSd随时间变化、关键相互作用距离的分布等,以证明所观察到的构象变化是体系固有的性质,而非采样不足导致的假象。”

对于预测“影子网络”的数据模型,他提出了最尖锐的问题:“模型的训练数据集是什么?其架构和超参数选择依据为何?如何避免过拟合?更重要的是,模型做出的预测,哪些是基于数据中真实存在的模式,哪些可能是模型自身偏差产生的?”

他要求作者提供模型的可解释性分析,例如通过扰动输入数据,观察哪些特征对预测“影子网络”成员最关键,从而为这个发现的“网络”提供生物学上的合理性支撑。

法森特的审稿意见极其技术化,充满了公式和术语。

他的认可,是这篇论文计算部分可信度的“通行证”。

他的质疑,也同样直指交叉学科研究中最容易被传统生物学家诟病的软肋。

......

米国,加州。

布莱克本教授正待在家里,打开了书房里的台灯。

她不习惯在电脑上审稿,而是喜欢戴着眼镜将论文全文打印下来,一个字一个字细细审阅。

她快速把握了论文的核心脉络,并将其置于整个生物学研究的大图景中进行考量,展现出一种纵观全局的智慧。

她敏锐地注意到,论文提出的“变构开关”、“精准识别”与“分布式冗余”三大机制,共同构筑了一个逻辑严密、且符合进化论思想的“智能”系统。

“这项工作不仅提供了新的部件,更描绘了一幅关于细胞内部组织协调性的、更具整体性的新图景,这在当今碎片化的研究中尤为珍贵。”她在笔记中写道。

她认同拉斐尔斯关于补充生化实验的重要性,但也指出,在如此一篇开创性的论文中,要求每一个计算预测都立刻有完美的实验验证是不现实的,这会极大地延缓重大发现的传播。

她更倾向于建议作者在表述上更加精准,明确区分哪些是已有强证据支持的结

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